Publications of JM Huntenburg

Biderman, D.; Whiteway, M.; Hurwitz, C.; Greenspan, N.; Lee, R.; Vishnubhotla, A.; Warren, R.; Pedraja, F.; Noone, D.; Schartner, M. et al.; Huntenburg, J.; Khanal, A.; Meijer, G.; Noel, J.-P.; Pan-Vazquez, A.; Socha, K.; Urai, A.; The International Brain Laboratory; Cunningham, J.; Sawtell, N.; Paninski, L.: Lightning Pose: improved animal pose estimation via semi-supervised learning, Bayesian ensembling, and cloud-native open-source tools. Nature Methods 21 (7), pp. 1316 - 1328 (2024)

Jäger, A.-T.; Bailey, A.; Huntenburg, J.; Tardif, C.; Villringer, A.; Gauthier, C.; Nikulin, V.; Bazin, P.-L.; Steele, C.: Decreased long-range temporal correlations in the resting-state functional magnetic resonance imaging blood-oxygen-level-dependent signal reflect motor sequence learning up to 2 weeks following training. Human Brain Mapping 45 (4), e26539 (2024)

International Brain Laboratory; Bonacchi, N.; Chapuis, G.; Churchland, A.; DeWitt, E.; Faulkner, M.; Harris, K.; Huntenburg, J.; Hunter, M.; Laranjeira, I. et al.; Rossant, C.; Sasaki, M.; Schartner, M.; Shen, S.; Steinmetz, N.; Walker, E.; West, S.; Winter, O.; Wells, M.: A modular architecture for organizing, processing and sharing neurophysiology data. Nature Methods 20 (3), pp. 403 - 407 (2023)

Gau, R.; Noble, S.; Heuer, K.; Bottenhorn, K.; Bilgin, I.; Yang, Y.-F.; Huntenburg, J.; Bayer, J.; Bethlehem, R.; Rhoads, S. et al.; Vogelbacher, C.; Borghesani, V.; Levitis, E.; Wang, H.-T.; Van Den Bossche, S.; Kobeleva, X.; Legarreta, J.; Guay, S.; Atay, S.; Varoquaux, G.; Huijser, D.; Sandström, M.; Herholz, P.; Nastase, S.; Badhwar, A.; Dumas, G.; Schwab, S.; Moia, S.; Dayan, M.; Bassil, Y.; Brooks, P.; Mancini, M.; Shine, J.; O’Connor, D.; Xie, X.; Poggiali, D.; Friedrich, P.; Heinsfeld, A.; Riedl, L.; Toro, R.; Caballero-Gaudes, C.; Eklund, A.; Garner, K.; Nolan, C.; Demeter, D.; Barrios, F.; Merchant, J.; McDevitt, E.; Oostenveld, R.; Craddock, R.; Rokem, A.; Doyle, A.; Ghosh, S.; Nikolaidis, A.; Stanley, O.; Uruñuela, E.; Anousheh, N.; Arnatkeviciute, A.; Auzias, G.; Bachar, D.; Bannier, E.; Basanisi, R.; Basavaraj, A.; Bedini, M.; Bellec, P.; Benn, R.; Berluti, K.; Bollmann, S.; Bollmann, S.; Bradley, C.; Brown, J.; Buchweitz, A.; Callahan, P.; Chan, M.; Chandio, B.; Cheng, T.; Chopra, S.; Chung, A.; Close, T.; Combrisson, E.; Cona, G.; Constable, R.; Cury, C.; Dadi, K.; Damasceno, P.; Das, S.; De Vico Fallani, F.; DeStasio, K.; Dickie, E.; Dorfschmidt, L.; Duff, E.; DuPre, E.; Dziura, S.; Esper, N.; Esteban, O.; Fadnavis, S.; Flandin, G.; Flannery, J. E.; Flournoy, J.; Forkel, S. J.; Franco, A. R.; Ganesan, S.; Gao, S.; García Alanis, J. C.; Garyfallidis, E.; Glatard, T.; Glerean, E.; Gonzalez-Castillo, J.; Gould van Praag, C. D.; Greene, A. S.; Gupta, G.; Hahn, C. A.; Halchenko, Y. O.; Handwerker, D.; Hartmann, T. S.; Hayot-Sasson, V.; Heunis, S.; Hoffstaedter, F.; Hohmann, D. M.; Horien, C.; Ioanas, H.-I.; Iordan, A.; Jiang, C.; Joseph, M.; Kai, J.; Karakuzu, A.; Kennedy, D. N.; Keshavan, A.; Khan, A. R.; Kiar, G.; Klink, P. C.; Koppelmans, V.; Koudoro, S.; Laird, A. R.; Langs, G.; Laws, M.; Licandro, R.; Liew, S.-L.; Lipic, T.; Litinas, K.; Lurie, D. J.; Lussier, D.; Madan, C. R.; Mais, L.-T.; Mansour L, S.; Manzano-Patron, J. P.; Maoutsa, D.; Marcon, M.; Margulies, D. S.; Marinato, G.; Marinazzo, D.; Markiewicz, C. J.; Maumet, C.; Meneguzzi, F.; Meunier, D.; Milham, M. P.; Mills, K. L.; Momi, D.; Moreau, C. A.; Motala, A.; Moxon-Emre, I.; Nichols, T. E.; Nielson, D. M.; Nilsonne, G.; Novello, L.; O’Brien, C.; Olafson, E.; Oliver, L. D.; Onofrey, J. A.; Orchard, E. R.; Oudyk, K.; Park, P. J.; Parsapoor, M.; Pasquini, L.; Peltier, S.; Pernet, C. R.; Pienaar, R.; Pinheiro-Chagas, P.; Poline, J.-B.; Qiu, A.; Quendera, T.; Rice, L. C.; Rocha-Hidalgo, J.; Rutherford, S.; Scharinger, M.; Scheinost, D.; Shariq, D.; Shaw, T. B.; Siless, V.; Simmonite, M.; Sirmpilatze, N.; Spence, H.; Sprenger, J.; Stajduhar, A.; Szinte, M.; Takerkart, S.; Tam, A.; Tejavibulya, L.; Thiebaut de Schotten, M.; Thome, I.; Tomaz da Silva, L.; Traut, N.; Uddin, L. Q.; Vallesi, A.; VanMeter, J. W.; Vijayakumar, N.; di Oleggio Castello, M. V.; Vohryzek, J.; Vukojević, J.; Whitaker, K. J.; Whitmore, L.; Wideman, S.; Witt, S. T.; Xie, H.; Xu, T.; Yan, C.-G.; Yeh, F.-C.; Yeo, B. T. T.; Zuo, X.-N.: Brainhack: Developing a culture of open, inclusive, community-driven neuroscience. Neuron 109 (11), pp. P1769 - P1775 (2021)

Huntenburg, J.: A systematic relationship between cortical microstructure and connectivity gradients. In 23rd Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping (OHBM 2017). 23rd Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping (OHBM 2017), Vancouver, BC, Canada, June 25, 2017 - June 27, 2017. (2017)

Whiteway, M.; Biderman, D.; Hurwitz, C.; Greenspan, N.; Lee, R.; Vishnubhotla, A.; Schartner, M.; Huntenburg, J.; Khanal, A.; Meijer, G. et al.; Noel, J.; Pan-Vazquez, A.; Socha, K.; Urai, A.; Laboratory, I.; Warren, R.; Noone, D.; Pedraja, F.; Cunningham, J.; Sawtell, N.; Paninski, L.: Lightning Pose: improved animal pose estimation via semi-supervised learning, Bayesian ensembling, and cloud-native open source tools. 52nd Annual Meeting of the Society for Neuroscience (Neuroscience 2023), Washington, DC, USA (2023)

Gercek, B.; Alandis, J.; Benson, L.; Bonacchi, N.; Catarino, J.; Chapuis, G.; Fabbri, M.; Faulkner, M.; Hu, F.; Huntenburg, J. et al.; Khanal, A.; Krasniak, C.; Langdon, C.; Lau, P.; Meijer, G.; Miska, N.; Noel, J.-P.; Pan Vazquez, A.; Rossant, C.; Roth, N.; Shi, Y.; Socha, K.; Pillow, J.; Dayan, P.; Pouget, A.; International Brain Laboratory: Encoding models reveal brain-wide signaling of motor activity and reward delivery. 51st Annual Meeting of the Society for Neuroscience (Neuroscience 2022), San Diego, Ca, USA (2022)

Shi, Y.; Roth, N.; Steinmatz, N.; Engel, T.; Benson, B.; Birman, D.; Bonacchi, N.; Dewitt, E.; Gercek, B.; Langdon, C. et al.; Hubert, F.; Arlandis, J.; Nylund, K.; Socha, K.; Miska, N.; Schartner, M.; Whiteway, M.; Winter, O.; Faulkner, M.; Huntenburg, J.; Rossant, C.; Fabbri, M.; Chapuis, G.; Dayan, P.; Fiete, I.; Ganguli, S.; Harris, K.; Pouget, A.; Witten, I.; International Brain Laboratory: Single-cell correlates of sensory, cognitive, and motor variables across the brain. 51st Annual Meeting of the Society for Neuroscience (Neuroscience 2022), San Diego, Ca, USA (2022)

International Brain Laboratory; Banga, K.; Boussard, J.; Chapuis, G.; Faulkner, M.; Harris, K.; Huntenburg, J.; Hurwitz, C.; Lee, H.; Paninski, L. et al.; Rossant, C.; Roth, N.; Steinmetz, N.; Windolf, C.; Winter, O.: Spike sorting pipeline for the International Brain Laboratory. (2022), 17 pp.

International Brain Laboratory; Benson, B.; Benson, J.; Birman, D.; Bonacchi, N.; Carandini, M.; Catarino, J.; Chapuis, G.; Churchland, A.; Dan, Y. et al.; Dayan, P.; DeWitt, E.; Engel, T.; Fabbri, M.; Faulkner, M.; Fiete, I.; Findling, C.; Freitas-Silva, L.; Gercek, B.; Harris, K.; Häusser, M.; Hofer, S.; Hu, F.; Hubert, F.; Huntenburg, J.; Khanal, A.; Krasniak, C.; Langdon, C.; Lau, P.; Mainen, Z.; Meijer, G.; Miska, N.; Mrsic-Flogel, T.; Noel, J.-P.; Nylund, K.; Pan-Vazquez, A.; Pouget, A.; Rossant, C.; Roth, N.; Schaeffer, R.; Schartner, M.; Shi, Y.; Socha, K.; Steinmetz, N.; Svoboda, K.; Urai, A.; Wells, M.; West, S.; Whiteway, M.; Winter, O.; Witten, I.: A Brain-Wide Map of Neural Activity during Complex Behaviour. (submitted)

Findling, C.; Hubert, F.; International Brain Lab; Acerbi, L.; Benson, B.; Benson, J.; Birman, D.; Bonacchi, N.; Bruijns, S.; Carandini, M. et al.; Catarino, J.; Chapuis, G.; Churchland, A.; Dan, Y.; Davatolhagh, F.; DeWitt, E.; Engel, T.; Fabbri, M.; Faulkner, M.; Fiete, I.; Freitas-Silva, L.; Gercek, B.; Harris, K.; Häusser, M.; Hofer, S.; Hu, F.; Huntenburg, J.; Khanal, A.; Krasniak, C.; Langdon, C.; Latham, P.; Lau, P.; Mainen, Z.; Meijer, G.; Miska, N.; Mrsic-Flogel, T.; Noel, J.-P.; Nylund, K.; Pan-Vazquez, A.; Paninski, L.; Pillow, J.; Rossant, C.; Roth, N.; Schaeffer, R.; Schartner, M.; Shi, Y.; Socha, K.; Steinmetz, N.; Svoboda, K.; Tessereau, C.; Urai, A.; Wells, M.; West, S.; Whiteway, M.; Winter, O.; Witten, I.; Zador, A.; Zhang, Y.; Dayan, P.; Pouget, A.: Brain-wide representations of prior information in mouse decision-making. (submitted)

International Brain Laboratory; Banga, K.; Benson, J.; Bonacchi, N.; Bruijns, S.; Campbell, R.; Chapuis, G.; Churchland, A.; Davatolhagh, M.; Lee, H. et al.; Faulkner, M.; Hu, F.; Huntenburg, J.; Khanal, A.; Krasniak, C.; Meijer, G.; Miska, N.; Mohammadi, Z.; Noel, J.-P.; Paninski, L.; Pan-Vazquez, A.; Roth, N.; Schartner, M.; Socha, K.; Steinmetz, N.; Taheri, M.; Urai, A.; Wells, M.; West, S.; Whiteway, M.; Winter, O.: Reproducibility of in-vivo electrophysiological measurements in mice. (submitted)